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PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶 與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現，其原因：

1、引物與靶序列不wan全互補、或引物聚合形成二聚體。

2、Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多有關。其次，是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶的量過多有時也會出現非特異性擴增。

其對策有：

①必要時，重新設計引物。

②減低酶的量或調換另一來源的酶。

③降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。

④適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸，也叫兩步法)。